После пролета «Вояджера 2» мимо планеты, наиболее известной деталью на Нептуне стало БольшоеТемноеПятно в южном полушарии. Оно в два раза меньше чем Большое Красное ПятноЮпитера (т.е. в диаметре примерно равное Земле). Ветры Нептуна несли БольшоеТемноеПятно к западу со скоростью 300 метров в секунду. «Вояджер 2» также видел меньшее темноепятно в южном полушарии и небольшое непостоянное белое облако. Оно могло быть потоком, восходящим от нижних слоев атмосферы к верхним, но истинная природа его остается пока тайной.
Любопытно, что наблюдения на HST в 1994-м году показали, что БольшоеТемноеПятно исчезло. Оно или просто рассеялось или, к настоящему времени, закрыто другими частями атмосферы. Несколько месяцев спустя, HST обнаружил новое темноепятно в северном полушарии Нептуна. Это указывает на то, что атмосфера Нептуна изменяется быстро, возможно, из-за легких изменений в температурах верхних и нижних облаков.
